Se realizó el sorteo de los 16vos de final de la Copa Ecuador.
Los 16 clubes de la Primera Categoría Serie A se ubicaron en las llaves según el ranking de clubes de la CONMEBOL 2024.
Los clubes sin ranking (SR) se ubicaron según su posicionamiento en la Tabla Acumulada de la Primera Categoría Serie A 2023.
La localía le corresponderá al club de menor categoría; en caso de que ambos clubes sean de la misma categoría, será local el mejor ubicado en el ranking de clubes de la CONMEBOL 2024 o Tabla de Posiciones de su respectiva competición de 2023.
De esta forma quedaron los emparejamientos efectuado el sorteo:
L.D.U. de Quito vs Bonita Banana S.C.
Deportivo Cuenca vs Manta F.C.
El Nacional vs Baños Ciudad de Fuego
Orense vs Deportivo Santo Domingo de los Tsáchilas
Barcelona vs Independiente Juniors
Mushuc Runa vs Leones del Norte
Aucas vs La Castellana F.C.
Libertad vs Vicentino Dragón S.C.
Independiente del Valle vs Olmedo
Macará vs Cuniburo F.C.
Delfín vs Junior F.C.
Cumbayá vs Guayaquil City
Emelec vs AV25
Técnico Universitario vs La Cantera Pastaza
Universidad Católica vs La Paz
Imbabura vs Santa Elena Sumpa